仁嬪様は殿下の子供を身籠り権力を伸ばすが、恭嬪様は過去の女として扱われた。内医院でも上質の薬材は仁嬪様に取られ、恭嬪様には残り物が回された。恭嬪殿の医女セヒョンは抗議するが、仁嬪殿の尚宮に叱りつけられる。真心痛（心筋梗塞）を病んで以来、恭嬪様は心労が重なり、元気なうちに王子たちと温泉地へ療養に行くことにし、ホ･ジュンに同行を求めた。恭嬪殿はホ・ジュンに医官としてだけでなくその人柄で2人の王子を見守って欲しいと頼む。恭嬪殿のためにホ・ジュンは宮廷を出て薬材を求めるが、恭嬪様の容態は悪くなる一方で危篤に陥った。宮廷に戻ったホ・ジュンは恭嬪殿に針を打つが、手遅れだった。恭嬪殿は亡くなる。殿下はホ・ジュンの責任は問うなと命令する。ホ･ジュンは宮廷を出て地方を回り、薬材と病気の研究を願い出る。師のユ医員の墓前に参り、心医の道を失いかけた自らを反省し、民がどんな病で苦しんでいるのかを隈なく調べることを決意した。再び内医院に戻ったホ・ジュンだが、疫病に関する医書の執筆に忙しかった。母の命日に、恭嬪様の王子の光海君は急病だと偽ってホ・ジュンを呼び出し、寂しい胸の内を明かす。殿下の心は、仁嬪様とその子の信城君に向いており、恭嬪様の２人の王子を忘れているため、寂しい思いをしていた。ギョムは大科を受けるために勉強していたが、ホ・ジュンは叶わぬ夢を追い求めるとかえって辛くなるから諦めるよう諭すが、ギョムは聞き入れない。ドジは信城君の病がなかなか治らないことに焦りを感じ、その治療をホ･ジュンに任せた。ホ･ジュンは、信城君の血膿は深すぎて通常の方法では取り出せないため信城君の痛がるのを承知で荒治療を始めた。そうしないと命の危険すらあった。ドジから聞かされた症状と違ったため仁嬪様はドジとホ・ジュンのどちらを信じればよいのか迷う。ホ・ジュンはヒルを使って患部から血膿を吸い出す方法を用いるが、余りに常識外の治療方法のために仁嬪様も殿下もこの治療をやめさせようとしたが、今やめたら命を落としかねない程の重傷だったためホ・ジュンは治療を最後までやらせて貰いたいと強く願い出る。御医は文献上も根拠があることを述べ、ホ・ジュンも自信をもって治すと殿下に誓うと、殿下はホ・ジュンの決意を信じて治療を認めた。ヒルが血膿を吸い取り、信城君の病は完治した。殿下はホ･ジュンの功績を高く評価し、大臣たちの反対を押し切り、正三品の堂上官を与え、御医に任命せよと命じた。家に帰り、任命状を見せ、両班になりギョムも大科の受験資格を得たことを知り、家族一同、涙を流して喜ぶ。倭軍が侵略するとの噂が本当かデマか意見が分かれる中、本当に備えて明と条約を結ぶべきだとする諫言を王子は殿下に行うが聞き入れられない。しかし結局、壬辰倭乱（文禄の役）が勃発し、倭軍は釜山浦に上陸して漢陽近くまで迫っていた。世子は信城君でなく光海君で決まる。理由は、戦時中のため命を失う危険があるからだった。最後の砦のシン将軍まで敗れ、殿下の漢陽からの避難が決まる。ホ・ジュンは避難に際して大事な医書や診療簿を皆で担いで移動しようと提案するが、誰も我が身を最優先してホ・ジュンの提案に協力しようとする者がいなかった。漢陽の民は混乱に陥り両班を襲う。その中で自宅に向かったホ･ジュンも民に襲われる。恵民署で長年医員をしたマンギョンが現れて貧しい者を助けてきた自分やホ・ジュンに恩を仇で返すのはやめろと説得して難を逃れる。恵民署にも火の手が回り、ホ・ジュンは我が身を顧みず医書を運び出すが、殆どは焼失してしまう。ホ・ジュンは急いで家に帰るが、家族は殿下と一緒にホジュンも避難したと判断して避難した。殿下と一向は敵の足を止めるため自分達以外の船に火をつけて燃やしてしまい民から猛烈な怒りを買う。ホ･ジュンらは重い医書を担いで何とか船着場に到着するが、船は焼失していた為に迂回して平壌に向かう。ヤン御医が体調を崩し、殿下からホ・ジュンの姿が見えない理由を聞かれたドジは逃げ出したと説明する。道中でホ・ジュン達が村人たちの治療に当たっている所に倭軍が現れると、サンファは自らが囮になり敵を惹き付けてホ・ジュンたちを逃がす。ホ･ジュンはサンジョクに代わり息子のように育ててきたサンファが心配で出発できずにいたが、船頭が強引に船を出発させた。その瞬間、岸にサンファの姿が見えたが、倭軍に撃たれ倒れる。道中でヤンテの妻ユウォルが産気づき民家の納屋を借り男児を出産する。ホジュン・イルソ・ヤンテ一家が平壌に辿り着いた頃、殿下一行も平壌城に到着。が倭軍の進撃が止まず、明に身を寄せるべきだと主張する大臣も現れ始めた。ダヒが殿下一行にいるはずの御医ホ・ジュンを訪ねるが、ドジからホ・ジュンは医書を取りに行ったまま戻って来ずに逃げたと聞かされる。ホ・ジュン達も平壌にようやく到着する。ヤン御医はホ・ジュンに医書を守るという信念は誰にも理解されないだろうと語る。殿下も側を離れたホ・ジュンに冷たく当たる。ホ・ジュンはダヒはじめ家族と再会するが、ギョムは家族より仕事を優先したホ・ジュンを理解しなかった。殿下一行は平壌を脱出して北の義州城に向かうが、仁嬪様の信城君が原因不明の急病で倒れる。倭軍も平壌に到達し死闘が始まる。倭軍を追い払うためイルソ、ヤンテ、ギョムも義兵に名乗りをあげた。殿下はホ･ジュンでなくドジを随行させ、ドジに急病で倒れた信城君を診察させるが、手許に医書がないため何も出来ずに信城君は亡くなる。満身創痍の状態で生きて再び発見したサンファをホ・ジュンは治療した。平壌に残ったホ･ジュンが呼び出された。ホ･ジュンは再び家族を置いて殿下のいる義州に向かう。ギョムは、誰が見ているわけでもなくこの世で最も大切で尊い使命の仕事をし続けるホ・ジュンを尊敬し続けているとの母ダヒの言葉を思い出し、ホ・ジュンに理解を示した。ホ・ジュンは殿下の危篤状態を投薬で脱出させた後、殿下の針治療は、牢屋に入れられたドジに任せた。意識を取り戻した殿下に、回復はドジの針治療のお陰であり、ドジの罪を許すよう願い出る。ドジはチャンスをくれたホ・ジュンに、これまで嫉妬心にかられて数々の妨害を行った自らの罪を告白して謝罪する。倭軍は平壌を陥落し、光海君も生死不明となる中、平壌から光海君が義州に辿り着くが、平壌に残したホ・ジュンの家族の消息は知れなかった。そんな中、明の援軍が到着し、ようやく戦況が逆転する。
